Đê tự nhiên là loại được hình thành do sự lắng đọng của các trầm tích trong sông khi dòng nước này tràn qua bờ sông thường là vào những mùa lũ. Khi tràn qua bờ, vận tốc dòng nước giảm làm các vật liệu trong dòng nước lắng đọng theo thời gian nó sẽ cao dần và cao hơn bề mặt của đồng lụt (khu vực bằng phẳng bị ngập lụt).

Trong trường hợp không có lũ, các trầm tích có thể lắng dọng trong kênh dẫn và làm cho bề mặt kênh dẫn cao lên. Sự tương tác qua lại này không chỉ làm cao bề mặt của đê mà thậm chí làm cao đáy sông. Các đê thiên nhiên đặc biệt được ghi nhận dọc theo sông Hoàng Hà, Trung Quốc gần biển nơi đây các con tàu đi qua ở độ cao mặt nước cao hơn bề mặt đồng bằng. Các đê thiên nhiên là đặc điểm phổ biến của các dòng sông uốn khúc trên thế giới.